Es ist natürlich nicht richtig, dass nur das Granitmaß entscheidend ist. Das Holz quillt und schwindet prozentual, wenn also die Leisten rechts und links des Granits nur sehr schmal sind quillt es weniger als wenn sie sehr breit sind.
In Deinem Fall ist die Breite des Holzteils entscheidend, welches die beiden Leisten oben und unten auf verbindet. Wenn diese beiden Teile quellen oder schwinden, so schieben sie die Leisten nach außen, bzw ziehen sie an die Granitplatte heran.
Ich würde nicht unter 5mm (auf jeder Seite 2,5) Abstand gehen. Damit bist du bei der Breite deiner Holzteile auf der sicheren Seite, denn das Holz quillt und schwindet ja nicht exakt parallel zu seiner Oberfläche. So vermeidest Du, dass der Stein durch Verwerfungen oder Schüsseln, wie es gemeinhin genannt wird, in irgendeiner Weise "eingequetscht" wird und diese Quetschungen am Holz dann unschöne Beschädigungen hinterlassen.
Die Gefahr ist zwar nicht erheblich und auch die Schäden wären nur minimal, aber damit bist du wie gesagt auf der sicheren Seite.